經過顯微鏡直接觀察。普通來說，在一定的培育條件下（相反的培育基、溫度以及培育時間），同種微生物表現出動搖的菌落特征。這些特征包括菌落的外形、大小、隆起水平和顏色等方面。因此可以經過顯微鏡觀察菌落特征對微生物種類停止判別。接上去健明迪檢測為你詳細解答，希望可以協助到你。

運用選擇培育基培育微生物或人為提供有利于目的菌株生長的條件。選擇培育基，望文生義其作用是允許特定種類的微生物生長，同時抑制或阻止其他微生物生長。例如，運用以尿素作為獨一氮源的培育基可以培育出可分解脲酶的微生物；在培育基中ph調至酸性有利于霉菌的生長繁衍（抑制細菌的生命活動）等。選擇培育普通是經過觀察微生物的異化作用類型或某一特征停止直接判別，失掉的微生物往往并不只要一種，但是可以大致確定這些微生物存在的共有特征從而對其分類。

運用鑒別培育基。即依據微生物的代謝特點，在培育基中參與某種指示劑或化學藥品。例如，水質檢驗中大腸桿菌的檢驗（大腸桿菌的存在數量用以權衡水被糞便污染的水平）就用到了伊紅—美藍試劑，該試劑與水或乳制品中的大腸桿菌反響出現深紫色且帶有金屬光澤，屬于大腸桿菌的特征反響。與選擇培育相比，鑒別培育基的鑒別所得結果的范圍比擬小，普通可直接測定某微生物的種類。